重金属超标不仅会对人存在伤害，对土壤、水质、动物、植物、微生物都有影响，特别是其不能被消灭，只会发生转移或累积的特点。而在废水处理中，微生物相对比较“娇贵”，对生长环境要求较高，其中就包括重金属物质含量。
电镀、线路板废水及化工、酸洗等行业废水中都存在重金属元素，毒性大，可生化性差。需要先进行物化预处理后，方可进入生化系统。高浓度重金属、氰化物、硫化物等进入生化系统，导致曝气池污泥上浮、泡沫多、出水COD、氨氮飙升，系统崩溃。
重金属对生化系统的影响有相关数据就显示，铜Cu浓度达到40mg/L时，对生化系统有较为明显影响，而在0.5-10mg/L时有一定的促进作用。铬Cr（VI）的毒性要高于Cr（iii），但Cr（VI）的毒性要小于Cu，目前没有相关数据，研究表明Cr（VI）达到50mg/L对微生物的影响甚微。而镍Ni对微生物的影响也是分浓度，1-5mg/L对微生物代谢有促进作用，达到25mg/L时微生物系统就不稳定。
因此，对于含重金属废水会先投加重金属去除药剂进行处理，达到生化系统可承受范围或达到排放标准才予以排入生化系统中。
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